الهدف من علاج شق الشفة وشق سقف الحلق هو تحسين قدرة الطفل على الأكل والتحدث والسمع بصورة طبيعية، والحصول على مظهر وجه طبيعي.

والعناية بالأطفال المصابين بشق الشفة وسقف الحلق عادة ما تتضمن فريق من الأطباء المختصين ومن بينهم:

جراحون متخصصون في علاج المرض مثل جراح التجميل، الوجه والفكين،طبيب الأطفال، طبيب الأنف والأذن والحنجرة، طبيب أسنان للأطفال ،أخصائي تقويم الأسنان،ممرضات،أخصائي السمع،أخصائي التخاطب، اخصائي اجتماعي،طبيب نفسي. ويتضمن العلاج جراحة لتحسين الحالات المرتبطة به.

تعتمد الجراحة التي تقوم بتصحيح شق الشفة وشق سقف الحلق على حالة الطفل، حيث يقوم الطبيب باقتراح إجراء عدد من العمليات الجراحية من أجل تحسين قدرة الطفل على الكلام أو تحسين مظهر الشفة والأنف، وعادة ما يتم إجراء الجراحة بهذا الترتيب:

إصلاح الشفة  عندما يكون عمر الطفل يتراوح ما بين ثلاثة إلى ستة أشهر
إصلاح شق سقف الحلق عندما يكون عمر الطفل إثنا عشر شهراً أو أبكر من ذلك لو كان الأمر ممكناً
جراحات لاحقة وتكون ما بين الثانية من العمر وفي المراحل المتأخرة من المراهقة